Les recomiendo ENORMEMENTE revisar este tema y analizarlo, es increiblemente lo que puede ayudar a nuestro servicio al realizar una correcta configuración de estas variables.
Les recomiendo ponerle atención a algunas como:
datadir = Donde se localizan los archivos de las base de datos (y tablas)
tmpdir = Donde se localiza el directorio para tablas temporales
tmp_table_size = El tamaño de las tablas tempoarles permitido antes de que use disco físico.
max_heap_table_size = Máximo tamaño permitido para las tablas de memoria (Memory)
query_cache_limit = El limite de cache utilizado para las consultas
query_cache_size = El tamaño del cache utilizado por consulta
query_cache_type = La forma en que se usara el cache, 0 = no usa el cache, 1 = para todo lo que no traiga SELECT y 2 para puros SELECT.
max_user_connections = Máximo de usuarios simultaneos que se pueden conectar.
interactive_timeout = El tiempo que espera el servidor para actividad interactiva, antes de cerrar una conexion.
wait_timeout = El tiempo que espera el servidor para recibir una conexion, antes de cerrarla.
connect_timeout = Numero de segundos antes de que el servidor responda con el mensaje de error.
thread_cache_size = Es la cantidad threads (hilos), que pueden estar en cache.
key_buffer = Los bloques de indices se guardan en buffer y se comparten con los threads.
join_buffer = El tamaño de buffer que se usa para joins que no usan indices.
max_connect_errors = Numero de conexiones interrumpidas de un equipo, ese equipo se bloqueara.
max_allowed_packet = Tamaño máximo de los paquete so cadenas generados, si se usan campos BLOB grandes se debe incrementar, lo optimo que este del tamaño del BLOB mas grande.
table_cache = Numero de las tablas abiertas simultaneamente por los thread dados.
sort_buffer_size = Acerlera las operaciones que contengan order by y group by, ya que reserva buffer segun su tamaño.
read_buffer_size = Cada que se hace un escaneo de registros se guardan en buffer, esta variable permite una mayor velocidad entre mas grande sea el numero.
read_rnd_buffer_size = Al leer los registros ordenados (tras una ordenación), los registros se leen de su buffer para evitar volver a buscar en disco, al agregarle mayor valor a esta variable, mejora mucho el rendimiento,pero es por cliente, por lo tanto s tiene que tener cuidado.
thread_concurrency = Cantidad de thread que se pueden ejecutar simultaneos desde una aplicación dada.
myisam_sort_buffer_size = Bufer resarvado para la ordenación de indices MyISAM
log-slow-queries = Archivo donde se guardan esas consultas consideradas por nosotros como lentas.
long_query_time = Numero de segundos en que tarda un query, si pasa de este tiempo, lo mete al log de queries lentos.
open_files_limit = Numero de archivos que se pueden abrir simultaneamente, cabe mencionar que el leer una tabla es como abrir archivos.
max_allowed_packet = Maximo del tamaño del paquete que viaja por la red autorizado.
no-auto-rehash = Configuración que nos ayuda a que al abrir por consola el MySQL sea mas rapido, no levanta todas las configuraciones.
Para ondar mas en el tema pues
aquí